溫泉的形成一種是地殼內部的岩漿作用所形成，或為火山噴發所伴隨產生，火山活動過的死火山地形區，因地殼板塊運動隆起的地表，其地底下還有未冷卻的岩漿，均會不斷地釋放出大量的熱能由於此類熱源之熱量集中，因此只要附近有孔隙的含水岩層，不僅會受熱成為高溫的熱水，而且大部份會沸騰為蒸氣。多為硫酸鹽泉。

　另一種是受地表水滲透循環作用所形成。也就是說當雨水降到地表向下滲透，深入到地殼深處的含水層形成地下水，(砂岩、礫岩、火山岩、這些良好的含水層)。地下水受下方的地熱加熱成為熱水。

　台灣處於環太平洋地震帶上，位於歐亞和太平洋兩大阪塊之間，即是火山活動相當發達的地形之一，因此造就了台灣的三大火山系統->大屯火山系(基隆火山、龜山島)、東部海岸山脈以及澎湖群島區但大多數火山皆為死火山，由於地底深處尚有未冷卻的火山岩槳繼續流竄，地熱也致使台灣的溫泉分佈及活動相當的活躍，因此火山區域內往往可以發現溫泉與噴氣孔。火山型溫泉的硫化物需遇熱才會大量溶解於水中，形成「硫酸泉（石膏泉，俗稱為硫磺泉）」與「鹽酸泉」。

　另外一種主要系統，則是為貫穿全島的中央山脈兩側，此區的溫泉數量幾佔全台八成以上，屬於變質岩和沉積岩，由於含有豐富的碳酸氫離子，與岩石中的納、鎂、鈣、鉀礦物質作用而成的「碳酸泉」，因此多為中性或鹼性。但多數台灣的溫泉仍屬於中溫的碳酸鹽泉。
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